Bruno tem nove anos e não sabe nada sobre o Holocausto e a Solução Final contra os judeus. Também não faz idéia que seu país está em guerra com boa parte da Europa, e muito menos que sua família está envolvida no conflito. Na verdade, Bruno sabe apenas que foi obrigado a abandonar a espaçosa casa em que vivia em Berlim e a mudar-se para uma região desolada, onde ele não tem ninguém para brincar nem nada para fazer. Da janela do quarto, Bruno pode ver uma cerca, e para além dela centenas de pessoas de pijama, que sempre o deixam com frio na barriga.
Em uma de suas andanças Bruno conhece Shmuel, um garoto do outro lado da cerca que curiosamente nasceu no mesmo dia que ele. Conforme a amizade dos dois se intensifica, Bruno vai aos poucos tentando elucidar o mistério que ronda as atividades de seu pai. O menino do pijama listrado é uma fábula sobre amizade em tempos de guerra, e sobre o que acontece quando a inocência é colocada diante de um monstro terrível e inimaginável.